近两年，海内外资本、企业纷纷向AI+蛋白质疗法领域抛来了橄榄枝。
先是基因测序巨头Illumina，宣布进军蛋白质组学领域；海外Seer、Olink、Nautilus、Quantum-Si等蛋白质领域公司，接连登陆纳斯达克；
华尔街知名对冲基金还曾在ARK 2022 Big Ideas上预测，未来5年市场空间将达到3000亿美元……
生命科学，正在从基因组迈入蛋白质组时代。
01、打开“AI+蛋白”时代的序幕
“如果把生命体比作手表或者汽车，蛋白质就是生命活动的齿轮和零件，只知道齿轮的形状（即蛋白质结构）远不能组装成手表或者汽车。”
西湖欧米创始人郭天南博士这样比喻道。
若要了解人体的运转机制，我们不仅要知道蛋白质长什么样子，更需要了解机体细胞组织中细胞在各种状态下蛋白质的类型和数量，这就是蛋白质组学所做的事情。
而谈及蛋白质相关的学术研究，一定绕不开华盛顿大学David Baker教授、芝加哥大学许锦波教授（分子之心创始人）几位大牛。
David Baker构建了蛋白质结构预测的软件平台Rosetta，可以模拟任何氨基酸序列的结构变化；2016年，许教授发明RaptorX-Contact方法，首次用深度学习大幅提升了蛋白质结构预测的精度，正式拉开“AI+蛋白”时代的序幕。
2021年7月，人工智能公司DeepMind和欧洲生物信息研究所合作，完成了人类蛋白质组98.5%的蛋白质结构预测。
蛋白质组学开始被各界视为开启精准医疗的钥匙，伴随而来的则是资本大量涌入、企业纷纷布局。
图：2022年H1该领域融资情况（来源：动脉网）
就在前几天，互联网巨头Meta也卷入这场竞赛，用150亿参数语言模型，预测了6亿+蛋白质结构。
这些成果不仅提升了人类对生命认知的高度，更推进了AI+蛋白质领域的市场化变革……
02、全球布局AI+蛋白质疗法的企业
01.Generate Biomedicines
成立时间:2018年
总部所在地：美国马萨诸塞州
最新融资：B轮3.7亿美元
2018年，由生物科技风投机构Flagship孵化，专注于用人工智能来分析蛋白质结构、制造蛋白质药物。其从所有已知蛋白质中学习，应用基因序列编码蛋白质结构和功能的基本原理，构建了Generative Biology平台。
2021年11月，宣布外部股权融资高达3.7亿美元。合作方面，2022年1月与安进签下五个临床靶点项目，并获得了5000万美元首付款。
Generate的目标是今年有14个药物项目进入临床前开发阶段，其中包括与Amgen达成的5个项目。靶向SARS-CoV-2刺突蛋白保守区域的广泛中和抗体，预计将于明年年初向FDA提交临床试验申请。
02.Absci
成立时间:2011年
总部所在地：美国华盛顿州
最新融资：已IPO上市
Absci创立于2011年，是一家AI+合成生物学公司。目前拥有超过170名员工，致力于蛋白质和生物制剂的发现和开发。创始人Sean Mclain，曾花18个月改造大肠杆菌系统，使其在保留自身同时能够快速复制。
其综合药物创造平台Integrated Drug Creation Platform，整合了生物学平台 SoluPro、蛋白质打印平台 SoluPure 以及AI计算引擎，从而提高蛋白质药物的可制造性，并降低制造成本。
累计融资额达 2.3 亿美元，投资方包括默沙东全球健康创新基金、Redmile Group、Casdin Capital 等。2021年7月23日，成功IPO。
03.Congruence
成立时间:2021年
总部所在地：美国-明尼苏达州
最新融资：5000万美元A轮
公司成立于2021年，由Clarissa Desjardins博士领导，她曾是Ipsen的创始人和首席执行官。Kenneth J. Valenzano博士任首席科学官，之前在Amicus担任药物发现高级副总裁。
公司致力于使用数学建模、物理学和机器学习来表征错误折叠的蛋白质，以更快、更大规模地发现和设计新型药物。2022年2月8日，宣布完成5000万美元的A轮融资。由Amplitude Ventures和Fonds de solidarité FTQ牵头。
04.Matchpoint
成立时间:2012年
总部所在地：美国-加利福尼亚州
最新融资：7000万美元A轮
一家生物技术公司，由斯坦福大学和哈佛大学医学院的共价化学、蛋白质组学和计算科学领域的顶尖专家创立。包括首席执行官 Andre Turenne、首席科学官 Jared Cumming及首席技术官 Mark Tebbe 。
Matchpoint专有的高级共价探索平台，整合了先进的化学蛋白组学、机器学习和共价化学库。利用共价力量发现精确的共价药物，以治疗免疫性及其他领域疾病。2022年10月14日，完成7000万美元A轮融资，由赛诺菲风险投资公司牵头。
05.LabGenius
成立时间:2012年9月
总部所在地：英国-伦敦
最新融资：2870万美元A系列
一家基于机器学习的蛋白质工程公司。团队近百名员工，由数据科学家、软件工程师和自动化专家组成。2022年11月16日，Leonard Wossnig博士加入并任首席技术官，曾联合创办量子+机器学习公司 Rahko。
其核心技术平台EVA™，通过结合机器人自动化、合成生物学和机器学习，运行了完整的设计-构建-测试-学习周期，以帮助指导寻找新的治疗性抗体。今年10月，完成2870万美元A系列融资。
06.Neoleukin Therapeutics
成立时间: 2019 年
总部所在地：美国-华盛顿
最新融资：/
2019 年 1 月，孵化于华盛顿大学蛋白质设计研究所。公司专有的蛋白设计平台The Neoleukin Platform，结合了算法和现代计算功能，旨在设计高选择性、高度稳定的蛋白质药物。
今年9月30日，Neoleukin的现金、现金等价物和短期投资总额为1.069亿美元。11月14日，宣布停止开发其候选药物NL-201，一种新型IL-2/IL-15激动剂，专注于推进下一代新蛋白质疗法。另外，公司决定裁员约40%，以将现金跑道延长至2025年下半年。
07.Juvena Therapeutics
成立时间:2017年
总部所在地：美国-加利福尼亚州
最新融资：A轮4100万美元
一家生物技术公司，通过释放分泌蛋白的治疗潜力来加速治疗药物开发。由生物学专家Hanadie Yousef博士和蛋白质组学专家Jeremy O'Connell博士共同创立。
公司开发了一个计算平台，挖掘再生干细胞分泌的蛋白，并在各治疗领域筛选这个丰富的候选药物库，以发现和设计新型生物制剂。目前，已在多个治疗领域产生了hits和新的药物靶点。
2022年11月8日，在超额认购的A轮融资中筹集了4100万美元，由Mubadala Capital和Horizons Ventures共同领投。
08.Arzeda
成立时间:2008年
总部所在地：美国-西雅图
最新融资：3300万美元B轮
由David Baker博士实验室的学生于2008年创建。旨在使用高通量的实验室筛选和先进的算法，开发出智能蛋白质设计平台。商业模式以CRO合作为主，合作伙伴包括Amyris 、联合利华、 Zymergen，涵盖制药、能源、清洁等领域。2022 年 4 月 1 日，完成3300万美元B轮融资，由风险投资部门 Conti Ventures领投。
09.Peptone
成立时间: 2018 年
总部所在地：英国-伦敦
最新融资：4000 万美元A轮
Peptone 成立于 2018 年。使用先进的成像技术，能够分析流体状态下无序蛋白质的动力学。并通过计算机、人工智能技术，模拟无序蛋白质如何在原子水平上与其他分子相互作用。
创始人Tamiola 表示，公司已确定五种不同无序蛋白质靶标的可能候选药物，并将进行约14个月的临床前验证。此外， Peptone还与大型制药公司有两个试点项目，未透露具体信息。今年6月9日，完成A轮4000万美元融资。
10.华深智药
成立时间:2021年6月
总部所在地：中国-北京
最新融资：5亿元A轮
2021年6月成立，创始人彭健博士，任清华大学智能产业研究院高级访问教授。2022年6月22日，完成近5亿元A轮融资。五源资本领投，高榕资本、高瓴创投、清智资本等跟投。
公司已开发多种蛋白药物设计与建模的创新算法，并与高通量实验平台进行整合，完成了AI设计/实验验证的高效率迭代闭环。自研AI抗体设计平台Helixon Design，能够大规模地模拟分子间相互作用，高效地对于多靶点抗体进行设计。
参考来源：
各公司官网
动脉网《2016-2022年H1全球AI+制药价值趋势报告》
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